Während des "Spartakusaufstandes" war in Berlin eine Hetzjagd auf die Führer der KPD, in erster Linie auf Luxemburg und Liebknecht als Chefredakteure der "Roten Fahne", entbrannt. Öffentliche Anschläge riefen zu ihrer Ermordung auf und die Zeitungen halfen bei der Propaganda mit. Flugblätter mit verleumderischen Inhalten waren zu Massen im Umlauf; in einem hieß es z.B.: "Spartakus knebelte die Freiheit und wollte alles unter einen Willen zwingen. Spartakus raubte und plünderte und verkündete bei Durchführung seiner Ideen den allgemeinen Wohlstand. Spartakus schoss zur Arbeit gehende friedfertige deutsche Mitbürger zu Dutzenden nieder und nannte Bluthunde, die sich zur Wehr setzten und ihre Volksgenossen zu schützen suchten. Spartakus stellte gewissenlos Regierungsbeamte an die Wand, erschoss sie und erhob freche Anklage, dass für Unterbringung seiner Gefangenen nicht augenblicklich gesorgt werde. Spartakus brachte ganz Deutschland an den Rand des Abgrundes von unfassbarem Elend, von Hungertod, von Schmach und Schande. Das alles ist bewiesen!"

Flugblatt aus der Akte XII., IV., 12 des Geheimen Staatsarchivs Preußischer Kulturbesitz

Der Befehl Liebknecht zu ermorden bestand zwar für die Truppen nicht schriftlich, aber es waren auf ihn, tot oder lebendig, 100.000 Mark ausgesetzt, - so der Leiter der 14.Sektion des "Regiments Reichstag" Hesel beim "Sklarz-Prozess" - die von Sklarz Vertrauensmann und Zahlmeister Sonnenfeld ausgehändigt werden sollten.
Auch aus dem Eden Hotel, dem Hauptquartier der Gardekavallerieschützendivision, war eine Prämie von 100.000 Mark angekündigt worden und Fritz Heck, der Schwiegersohn Scheidemanns, versprach je 50.000 für jeden der beiden. Am 14.Januar hieß es in der "Volkswehr", dem Mitteilungsblatt des "Regiments Reichstag", das von Heck redigiert wurde,: "Schon die nächsten Tage werden zeigen, dass auch mit euch Ernst gemacht wird"

Institut für Marxismus-Leninismus beim ZK der SED (Hrsg.): "Illustrierte Geschichte der Novemberrevolution in Deutschland". Berlin 1968; Seite 331

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So folgten Verhaftungen von Leo Jogichse, Käte Duncker, Paul Levi, Otto Franke und der Frau, der Kinder sowie der Schwester Liebknechts. Ihm und Luxemburg war es in den letzten Tagen vor dem 15.Januar 1919 gelungen durch Wechseln der Unterkünfte einer Festnahme zu entgehen. "Trotz alledem" hatten sie weiterhin die Redaktion der "Roten Fahne" geführt und sich dem Drängen ihrer Freunde, sich ins Ausland abzusetzen, widersetzt. Doch wurden sie, wegen eines Verrats, am Abend des 15.Januar zusammen mit Pieck in ihrem Versteck in der Mannheimer Straße 43, der Wohnung des USPD-Mitglieds Siegfried Marcusson, - der heutigen Nummer 27 in Wilmersdorf - aufgespürt.
Man brachte sie in die Cecilienschule am Nikolausplatz und von dort aus weiter ins Eden-Hotel in der Budapester Straße / Ecke Kurfürstenstraße, wo Hauptmann Pabst, nach Verhören und Misshandlungen, den offiziellen Befehl erteilte sie ins Moabiter Gefängnis zu bringen. Um 23.00 Uhr wurde Liebknecht abgeführt. Bevor er mit seinen Begleitern Kapitänleutnant Pflugk-Harttung, dem Oberleutnant Ritgen, dem Leutnant Liepmann und zwei Offizieren ins Auto einsteigen konnte, wurde er von Otto Runge mit einem Gewehrkolben niedergeschlagen. Sie fuhren mit ihm an das Nordufer des Neuen Sees im Tiergarten, wo sie wegen eines angeblichen Motorschadens Halt machten. Man befahl Liebknecht auszusteigen. Nachdem Pflugk-Harttung ihn mit drei Schüssen von hinten getötet hatte, lieferte man Liebknecht als unbekannte Leiche in einer nahe gelegenen Unfallstation ab.

Auch Rosa Luxemburg war von Runge niedergeschlagen worden, nachdem man sie um 24.00 Uhr aus dem Hotel geführt hatte. Auf der Fahrt im Auto mit Oberleutnant Vogel, Vizefeldwebel Krull und zwei Söldnern tötete man sie durch einen Kopfschuss und warf ihre Leiche hinter der Lichtensteinbrücke in den Landwehrkanal. Sie wurde erst am 31.Mai 1919 als unbekannte Wasserleiche geborgen.
Auch Jogiches, der nach den Morden die Führung der KPD übernommen hatte, wurde am 10.März erschossen. Pieck war an dem Abend des 15.Januar die Flucht gelungen.

Die Bevölkerung war entsetzt über das brutale Vorgehen der Militärs (Flugblatt) und so folgten Aufstände und Streiks in den großstädtischen Betrieben.
Am 25.Januar wurden die insgesamt 32 bei den Spartakusunruhen ums Leben gekommenen Menschen auf einem Friedhof in Friedrichsfelde beigesetzt. Der Berliner Magistrat hatte eine Bestattung auf dem "Revolutionsfriedhof" im Friedrichshain verboten. Für Luxemburg wurde neben Karl Liebknecht ein leerer Sarg ins Grab gesenkt.
1926 errichtete Mies van der Rohe an dieser Stelle ein Revolutionsdenkmal, das jedoch 1933 von den Nationalsozialisten gesprengt wurde.

In einem von den Spiegel-Redakteuren Hans Schmelz und Martin Virchow 1962 durchgeführten Interview äußerte sich der ehemalige erste Gardestabsoffizier der Garde-Kavallerie-Schützendivision Waldemar Pabst sehr widersprüchlich zu den Geschehnissen in der Nacht vom 15. auf den 16.Januar 1919, wich einigen Fragen aus und verweigerte die Aussage darüber, ob er den Befehl gab Rosa Luxemburg und Karl Liebknecht zu ermorden. Sein offizieller Befehl lautete, die Gefangenen ins Moabiter Gefängnis zu überstellen. "Was ich mit den Herren, die sich freiwillig gemeldet hatten zu den Transporten - es war keiner kommandiert worden - , was ich mit denen besprochen habe, das geht keinen Menschen etwas an."
Nach seiner eigenen Aussage reichte ihm als Legitimation für sein völlig eigenständiges Handeln, von dem er seinen Generalleutnant von Hofmann erst am nächsten Morgen in Kenntnis setzte, dass "Deutschland damals nur so vor dem Kommunismus habe bewahrt werden können" und "die Beendigung dieser Gefahr wog bestimmt wesentlich mehr als die Beseitigung von zwei politischen Verführern."

Die Beteiligten Soldaten wie Runge und Pflugk-Harttung wurden später vor ein Militärgericht ihrer eigenen Division gestellt. Die meisten von ihnen wurden frei gesprochen und jenen, die wegen "Wachvergehen" und "Beseitigung einer Leiche" zu Haftstrafen verurteilt worden waren, gelang kurz nach dem Prozess die Flucht.